Durant el segle XIX, el pas de les tropes franceses per les nostres comarques va deixar nombroses cicatrius, tant en la nostra geografia física com en el nostre substrat emocional. En deixa constància la placa col·locada a l’interior de l’ermita del Calvari, que recorda els noms dels vint-i-nou veïns de Sant Joan assassinats per les tropes napoleòniques el 21 d’abril de 1812, durant la guerra del Francès.

Aquell episodi també va acabar amb el saqueig de l’edificació i la pèrdua d’imatges de gran valor.
Però l’ermita tornaria a patir un altre calvari durant la Guerra Civil espanyola. El 1936 va ser assaltada, se’n van cremar les portes i van desaparèixer els cassetons del viacrucis. Afortunadament, abans de l’atac, els propietaris de l’ermita havien rescatat les imatges de l’interior i les havien portades a un lloc segur del cementeri. Una vegada conclosa la guerra, l’ermita va ser reparada i es van reconstruir els cassetons.

En la dècada dels seixanta, l’ermita va travessar un període d’abandó que culminaria amb una forta deterioració de l’immoble i la desaparició dels cassetons del viacrucis, però finalment l’any 2007 va ser restaurada per l’ajuntament. Durant aquelles obres s’hi va trobar un projectil de plom que data de la guerra del Francès. Finalment, l’ermita es va inaugurar el 2009. L’any 2012 s’hi col·locava la placa en memòria dels santjoaners assassinats per les tropes napoleòniques el 1812.

El conjunt monumental present al tossal del Calvari, amb les ermites, aljubs, basses de reg, les vistes a les fites geogràfiques alacantines, el cementeri i la torre de defensa, constitueix un dels focus d’atracció més importants de Sant Joan d’Alacant.