En el siglo XVII se construyeron el retablo principal de estilo barroco y el órgano, que fue ampliado en el siglo XVIII. En el siglo XIX se derribó la nave principal, dado su mal estado, y se levantó una nueva nave junto con un ábside, pero se conservaron las dos capillas del siglo XVIII. En este periodo también se acometió la remodelación de la fachada principal con sus característicos campanarios. La nueva nave se retranqueó respecto su ubicación original, lo que permitió crear un atrio que alejara la puerta de la iglesia de la acequia mayor, ya que la crecida del canal provocaba continuas inundaciones en el templo. En 1909, la señora de Prytz, Dña. Luisa Antoine Larrea, perteneciente a una de las familias más afamadas del pueblo, donó la verja pétrea y enrejada que durante muchos años confinaba el atrio de entrada. La fachada de la iglesia se ha convertido en uno de los iconos emblemáticos de Sant Joan d’Alacant.

Las rejas que quedan visibles y que sufragó la señora de Prytz, Dña. Luisa Antoine Larrea

En 1936, a comienzos de la Guerra Civil española, se produjo el asalto de la iglesia y fueron destruidos los retablos, las campanas, las imágenes y los objetos de culto. Entre las principales pérdidas estaba la imagen del Santísimo Cristo de la Paz, el órgano barroco, el retablo de la Virgen del Rosario de estilo churrigueresco y el arca donde según la tradición, se guardó la Santa Faz a su llegada a Sant Joan en el siglo XV.

Acabada la guerra la iglesia fue reconstruida. En la actualidad se conservan algunas piezas de interés como el retablo del Santísimo Cristo del siglo XVIII, el camarín con frescos de Heliodoro Guillén, el retablo de la Santa Faz (s. XVIII), el lienzo de la Sagrada Familia de Antonio Villanueva (s. XVIII), y varios ornamentos sagrados entre los que destacan una custodia de plata sobredorada fechada en el siglo XVII.

San Juan BautistaEn los años 80 se restauraron las fachadas y nave central gracias al impulso del párroco D. Carmelo Dávila. Las capillas se restauraron a finales de los noventa, y se reformó el atrio, eliminando la verja que donó la familia Prytz Larrea. En una esquina se ha dejado como testimonio una pequeña porción de aquella cerca.

La Iglesia Parroquial de San Juan Bautista es uno de los elementos patrimoniales más importantes de Sant Joan d’Alacant, un lugar íntimamente ligado a la memoria colectiva de los santjoaners y un referente para los amantes del municipio.