En el segle XVII es van construir el retaule principal d’estil barroc i l’orgue, que va ser ampliat en el segle XVIII. En el segle XIX es va enderrocar la nau principal, que es trobava en mal estat, i es va alçar una nova nau juntament amb un absis, però conservant les dues capelles del segle XVIII. En aquest període també es va remodelar la façana principal amb els seus característics campanars. La nova nau es va recular respecte de la situació original, cosa que va permetre crear un atri que allunyara la porta de l’església de la séquia Major, ja que la crescuda del rec provocava contínues inundacions en el temple. El 1909, la senyora de Prytz, Luisa Antoine Larrea, pertanyent a una de les famílies més anomenades del poble, va donar la tanca de pedra i la reixa que durant molts anys delimitava l’atri d’entrada. La façana de l’església s’ha convertit en una de les icones emblemàtiques de Sant Joan d’Alacant.

El 1936, al començament de la Guerra Civil, es va produir l’assalt de l’església i van ser destruïts els retaules, les campanes, les imatges i els objectes de culte. Entre les principals pèrdues hi havia la imatge del Santíssim Crist de la Pau, l’orgue barroc, el retaule de la Mare de Déu del Roser, d’estil xorigueresc, i l’arca on, segons la tradició, es va guardar la Santa Faç quan va arribar a Sant Joan en el segle XV.

Una vegada acabada la guerra, l’església va ser reconstruïda. En l’actualitat es conserven algunes peces d’interès com el retaule del Santíssim Crist del segle XVIII, el cambril amb frescos d’Heliodoro Guillén, el retaule de la Santa Faç (s. XVIII), el llenç de la Sagrada Família, d’Antonio Villanueva (s. XVIII), i diversos ornaments sagrats, entre els quals destaquen una custòdia de plata sobredaurada datada en el segle XVII.

En els anys vuitanta es van restaurar les façanes i la nau central gràcies a l’impuls del rector Carmelo Dávila. Les capelles es restauren al final dels noranta, i es reforma l’atri, del qual s’elimina la reixa que havia donat la família Prytz Larrea. En un cantó s’ha deixat com a testimoni una petita porció d’aquella tanca.

L’església parroquial de Sant Joan Baptista és un dels elements patrimonials més importants de Sant Joan d’Alacant, un lloc íntimament lligat a la memòria col·lectiva dels santjoaners i un referent per als amants del municipi.